第三分局設有分局長、副分局長二名，下轄單位為：
第一層架構為偵查隊、警備隊、行政組、秘書室、會計室、督察組、人事室、防治組、保安民防組、交通組及勤務指揮中心
第二層架構為安南派出所、海南派出所、安順派出所、和順派出所、安中派出所、長安派出所、安佃派出所、土城派出所、顯宮派出所、交通分隊（由交通組管轄）
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| 行政組 |
| 組長： |
余志宏 |
| 電話： |
06-2452136 |
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| 秘書室 |
| 主任： |
鐘國強 |
| 電話： |
06-2561216 |
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| 人事室 |
| 主任： |
張志文 |
| 電話： |
06-2452126 |
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| 會計室 |
| 主任： |
郭建民 |
| 電話： |
06-2472875 |
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| 督察組 |
| 組長： |
方子欽 |
| 電話： |
06-2561114 |
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 防治組 |
| 組長： |
李國榮 |
| 電話： |
06-2477072 |
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| 保安.民防組 |
| 組長： |
劉行五 |
| 電話： |
06-2470147 |
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| 交通組 |
| 組長： |
鄭政倉 |
| 電話： |
06-2470146 |
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| 勤務指揮中心 |
| 主任： |
郭昭良 |
| 電話： |
06-2567666 |
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| 偵查隊 |
| 隊長： |
吳俊德 |
| 電話： |
06-2567350 |
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| 警備隊 |
| 隊長： |
曾天來 |
| 電話： |
06-2464313 |
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| 安南派出所 |
| 所長： |
曾婉甄 |
| 電話： |
06-2567910 |
| 地址： |
臺南市安南區安中路3段396號 |
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| 海南派出所 |
| 所長： |
詹得芳 |
| 電話： |
06-2588946 |
| 地址： |
臺南市安南區海佃路1段419號 |
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| 安順派出所 |
| 所長： |
莊世雄 |
| 電話： |
06-2562405 |
| 地址： |
臺南市安南區安西一街17號 |
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| 安中派出所 |
| 所長： |
蔡明宮 |
| 電話： |
06-2467808 |
| 地址： |
臺南市安南區安中路1段788號 |
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| 和順派出所 |
| 所長： |
余榮欽 |
| 電話： |
06-3554134 |
| 地址： |
臺南市安南區安和路4段569號 |
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| 土城派出所 |
| 所長： |
林世璿 |
| 電話： |
06-2577403 |
| 地址： |
臺南市安南區城西街1段40號 |
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| 顯宮派出所 |
| 所長： |
毛奇揚 |
| 電話： |
06-2841320 |
| 地址： |
臺南市安南區媽祖宮路50號 |
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| 安佃派出所 |
| 所長： |
祝岩 |
| 電話： |
06-2567620 |
| 地址： |
臺南市安南區海佃路4段496號 |
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| 長安派出所 |
| 所長： |
黃俊榮 |
| 電話： |
06-2569531 |
| 地址： |
臺南市安南區長溪路3段313號 |
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| 交通分隊 |
| 小隊長： |
吳水掘 |
| 電話： |
06-2472145 |
| 地址： |
臺南市安南區安西一街17號 |
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